Естественно-научный профиль ориентирует на такие сферы деятельности, как медицина, биотехнология, агрономия, зоотехния и др. В данном профиле для изучения на углубленном уровне выбираются учебные предметы и дополнительные курсы преимущественно из предметных областей «Естественно-научные предметы». Согласно программе развития лицея (агроклассы), заявлениям в 10 класс и выбору аграрного направления в учебный план введено углубленное изучение предметов химия, физика, биология.